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TRABALHO Ações
Ancoragem De Genomas Incompletos Em Genomas Completos.
Curso Mestrado em Ciência da Computação
Tipo Dissertação
Data 01/08/2007
Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
Orientador(es)
  • Nalvo Franco de Almeida Junior
Coorientador(es)
    Orientando(s)
    • André Chastel Lima
    Banca
    • Cleber Oliveira Soares
    • Nalvo Franco de Almeida Junior
    • Said Sadique Adi
    Resumo Um Projeto Genoma Usual Possui Três Etapas. A Primeira, Denominada, Sequenciamento E Montagem, Consiste Na Determinação Da Sequência Exata De Todos Os Seus Cromossomos. A Segunda, Conhecida Como Anotação, Consiste Na Descoberta Da Posição Exata Dos Genes De Cada Cromossomo, Quais As Proteínas Produzidas Por Eles E Qual A Função De Cada Uma Delas. Ao Final, A Análise Do Genoma Consiste Na Descoberta De Funcionalidades Específicas Ou Comuns A Outros Organismos. Algumas Vezes Não Se Deseja Terminar Completamente A Primeira Fase. Nesses Casos Tem-se, Ao Invés De Cromossomos, Apenas Trechos Contíguos E Disjuntos Dos Cromossomos, Chamados De Contigs. Mesmo Assim, Ainda é Possível Chegar As Conclusões Importantes Acerca Das Funcionalidades Do Organismo Estudado. Este Trabalho Consiste No Estudo De Algumas Ferramentas De Comparação De Sequências, Visando Usá-las Como Instrumento Para Mapear Os Contigs De Um Genoma Incompleto No Genoma Completo De Um Organismo Evolutivamente Próximo. Dessa Forma, é Possível Auxiliar Proetos Cujo Objetivo Seja Apenas Entender Mecanismos Biológicos Importantes Do Organismo, Sem Que Haja A Necessidade De Completar Seu Genoma.
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    Rough Sets E Algoritmos Genéticos Para Inicializar Um Sistema Neuro-fuzzy
    Curso Mestrado em Ciência da Computação
    Tipo Dissertação
    Data 20/04/2007
    Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
    Orientador(es)
    • Maria Bernadete Zanusso
    Coorientador(es)
      Orientando(s)
      • Graciela Lecireth Meza Lovon
      Banca
      • Luciana Cambraia Leite
      • Maria Bernadete Zanusso
      • Maria Carolina Monard
      Resumo A Definição Da Arquitetura De Uma Rede Neural Artificial Que Forneça Um Desempenho Aceitável Em Problemas De Classificação De Dados Constitui Uma Tarefa Complexa De Tentativa E Erro. Isto é Notório Em Redes Do Tipo Perceptron De Múltiplas Camadas (pmc), Nas Quais A Eficiência Do Aprendizado Medida Em Termos Da Sua Capacidade De Generalização Num Conjunto De Dados Depende, Entre Outros Parâmetros, Do Número De Camadas, Do Número De Neurônios E Das Conexões Entre Seus Neurônios. Por Outro Lado, Em Redes Baseadas Em Conhecimento Simbólico, A Arquitetura E Os Pesos Das Conexões Podem Ser Determinados Por Um Método De Mapeamento De Regras. No Entanto, Encontrar Uma Boa Base De Regras Para Representar Conhecimento é Um Processo Custoso E Difícil, Não Só Pela Necessidade De Ter De Um Especialista No Domínio, Também, Pela Aplicação Das Técnicas De Aquisição , Ou Extração, De Seu Conhecimento. A Teoria De Rough Sets Se Apresenta Como Uma Alternativa Para Contornar Este Problema. Esta Se Fundamenta Na Aplicação Dos Conceitos Matemáticos De Classes De Equivalência E Conjunto Quociente Num Ambiente De Incertezas, Para Gerar Regras De Dependência A Partir De Um Conjunto De Dados. O Sistema Neuro-fuzzy Diferenciável E Interativo (snfdi), Objeto De Estudo Deste Trabalho, Tem Como Núcleo Uma Rede Neural Do Tipo Pmc Com 3 Camadas Cujos Neurônios Realizam Operações Lógicas E E Ou, E é Treinada Com O Algoritmo Retropropagação. As Operações São Efetuadas Usando T-normas Diferenciáveis, Que Permitem A Diferenciação Da Função De Erro Quadrático édio, E Interativas, Que Trazem Vantagens Sobre Os Operadores De Máximo E De Mínimo Num Domínio De Dados Com Diferentes Graus De Granularidade Nos Atributos. Este Projeto Tem Por Objetivo Aplicar A Teoria De Rough Sets Para Propor Uma Metodologia De Inicialização Para O Snfdi, Em Que O Número De Neurônios Na Camada Intermediária Da Rede E Os Pesos Iniciais Para Algumas Das Suas Conexões Entre As Três Camadas São Determinados Mapeando Regras. O Algoritmo Gene´tico, Aplicado Sobre Populações De Indivíduos Formados Por Regras, é Introduzido Para Determinar A Melhor Combinação Delas Que Ao Ser Mapeadas Fornecem Um Snfdi Com Uma Boa Capacidade De Generalização. Várias Das Idéias E Procedimentos Desta Metodologia Foram Anteriormente Propostos Por Banerjee Et Al. [bmp98}, Mas, Neste Trabalho, Tentou-se Contornar Algumas Das Suas Limitações, Principalmente, Com As Vantagens Oferecidas Pelo Algoritmo Genético. O Desempenho Da Introdução Da Metodologia No Snfdi Foi Avaliado Na Classificaçao De Vogais De Um Dialeto Indiano, Da Presença Ou Ausência De Diabetes E De Uma Doença Cardíaca.os Resultados Se Mostraram Promissores,pois Além De Se Automizar Em Parte,o Processo De Inicialização,obteve-se Melhoras Na Capacidade De Generalização Para Os Conjuntos De Dados Utilizados.
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      O Método De Distribuição De Cargas.
      Curso Mestrado em Ciência da Computação
      Tipo Dissertação
      Data 19/03/2007
      Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
      Orientador(es)
      • Marcelo Henriques de Carvalho
      Coorientador(es)
        Orientando(s)
        • Delair Osvaldo Martinelli Junior
        Banca
        • Fabio Henrique Viduani Martinez
        • Marcelo Henriques de Carvalho
        • Orlando Lee
        Resumo Este Trabalho Apresenta Um Estudo Sobre O Método De Distribuição De Cargas, Procurando Exibir Com Clareza Os Principais Aspectos Desta Técnica.
        O Principal Objetivo é Iniciar O Leitor Ao Estudo Deste Método. Este Trabalho Tem Como Propósito Ser Simples E Didático. Apresentamos A Formulação Geral, Alguns Exemplos Bem Simples, Três Problemas Mais Completos E Várias Referências Bibliográficas Relevantes Em Relação Ao Assunto. Mostramos Resultados Obtidos Para O Problema Da 3-coloração De Vértices Relacionado à Conjectura De Steinberg Que Ainda Está Em Aberto, Para O Problema Da Coloração Simultânea De Grafos Imersos E Para O Problema Da Simetria Em Grafos.
        Com Exceção Do Problema Da 3-coloração, Os Resultados Apresentados São Os Melhores Possíveis. Para O Problema Da 3-coloração, Os Melhores Resultados Possuem Um Grau De Dificuldade Alto,fugindo Do Escopo Deste Trabalho.
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        Um Ambiente De Animação Dinâmica De Corpos Rígidos.
        Curso Mestrado em Ciência da Computação
        Tipo Dissertação
        Data 15/12/2006
        Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
        Orientador(es)
        • Paulo Aristarco Pagliosa
        Coorientador(es)
          Orientando(s)
          • Leonardo de Lima Oliveira
          Banca
          • Esteban Walter Gonzalez Clua
          • Marcelo Ferreira Siqueira
          • Paulo Aristarco Pagliosa
          Resumo O Objetivo Geral Deste Trabalho é O Estudo Dos Fundamentos Da Animação Por Computador E O Desenvolvimento Orientado A Objetos De Um Sistema De Animação Procedimental De Cenas 3d Para Visualização De Simulações Dinâmicas Em Aplicações De Ciência E Engenharia. Uma Animação é Especificada Através De Uma Linguagem De Animação, Derivada De Uma Linguagem De Propósito Geral Chamada L, Estendida Com Produções Para Descrição De Roteiros De Animação Baseados Em Scripts E Ações Que Modificam O Estado Dos Objetos No Tempo, Além De Uma Api De Animação. Os Principais Componentes Do Sistema São: Compilador De Linguagem De Animação, Máquina Virtual De Animação, Renderizador, Controlador De Animação, Ligador E Visualizador De Arquivos De Animação, E Um Motor De Física De Corpos Rígidos Denominado Physx, Desenvolvido Pela Ageia Technologies. Os Objetivos Específicos Do Trabalho Estão Divididos Em Duas Etapas. A Primeira é O Estudo Dos Fundamentos Matemáticos E Computacionais Necessários Ao Desenvolvimento Das Classes De Objetos Que Compôs O Sistema. Tal Estudo Inclui Técnicas De Animação E Controle De Movimentos, Teoria De Compiladores, Máquinas Virtuais, Gerência De Memória E Coleta De Lixo, Bibliotecas Nativas E Conceitos Da Mecânica Clássica. A Segunda Etapa Consiste No Desenvolvimento Dos Componentes Do Sistema, Sua Integração Com O Motor De Física, E A Implementação Da Api De Animação.
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          um Framework Para Análise Seqüencial E Em Paralelo De Sólidos Elásticos Pelo Método Dos Elementos Finitos
          Curso Mestrado em Ciência da Computação
          Tipo Dissertação
          Data 30/11/2006
          Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
          Orientador(es)
          • Paulo Aristarco Pagliosa
          Coorientador(es)
            Orientando(s)
            • Bianca de Almeida Dantas
            Banca
            • Alba Cristina Magalhães Alves de Melo
            • Marcelo Ferreira Siqueira
            • Paulo Aristarco Pagliosa
            Resumo Dantas, B.a. Um Framework Para Análise Seqüencial E Em Paralelo De Sólidos Elásticos Pelo Método Dos Elementos Finitos. Campo Grande, 2006. Dissertação (mestrado) -- Universidade Federal De Mato Grosso Do Sul.

            O Objetivo Geral Deste Trabalho é O Desenvolvimento De Um Framework Em C++ Para Análise Seqüencial Ou Em Paralelo De Sólidos Elásticos Através Do Método Dos Elementos Finitos (mef). O Mef Baseia-se Na Discretização Do Domínio Do Sólido Sendo Analisado Em Uma Malha De Elementos, O Que Resulta Na Transformação Das Equações Diferenciais Que Regem A Elasticidade Em Sistemas De Equações Lineares Que, Para Problemas Tridimensionais, Podem Conter Milhares De Equações. Uma Vez Que A Montagem E Resolução De Tais Sistemas Podem Ser Computacionalmente Intensivas, Faz Sentido A Busca Por Alternativas Para Tornar A Análise Através Do Mef Mais Eficiente, Destacando-se Entre Elas A Computação Paralela.
            A Análise Em Paralelo é Realizada Por P Processadores, Cada Qual Responsável Por Executar Uma Parte Da Análise. Para Tal, O Sólido é Subdividido Em P Partes Ou Subdomínios, Sendo Cada Subdomínio Enviado A Um Processador E Analisado Separadamente. Nesta Etapa, Os Pontos Das Fronteiras Entre Os Subdomínios São Considerados Fixos.
            Após A Análise De Cada Subdomínio Em Paralelo, Os Resultados Globais Da Análise Nas Fronteiras Podem Ser Determinados A Partir Da Técnica Da Subestruturação. Os Resultados Internos Em Cada Subdomínio São Então Calculados Em Paralelo A Partir Dos Resultados Nas Fronteiras. Dentre As Alternativas Possíveis Para Decomposição De Domínio, Adotou-se Neste Trabalho Uma Baseada No Particionamento De Um Grafo Cujos Vértices São Os Elementos Finitos Da Malha Decorrente Da
            Discretização Do Sólido; As Arestas Conectam Vértices Correspondentes A Elementos Adjacentes Na Malha. Para Particionamento De Grafos Utilizou-se O Pacote Metis, Cujo Código Fonte Foi Encapsulado Em Uma Classe C++ E Anexado Ao Framework. Para Envio De Objetos Entre Os Processadores Durante A Análise, Implementou-se Um Esquema De
            Serialização Para Transformar Objetos Em Um Fluxo Contíguo De Bytes E, Inversamente, Transformar Um Fluxo Nos Objetos Que Lhe Deram Origem. Fluxos São Enviados Entre Os Processadores Com Auxílio Da Biblioteca De Comunicação Mpi (message Passing Interface).
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              rede Neural Difusa Com T-normas Diferenciáveis E Interativas.
              Curso Mestrado em Ciência da Computação
              Tipo Dissertação
              Data 16/11/2006
              Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
              Orientador(es)
              • Maria Bernadete Zanusso
              Coorientador(es)
                Orientando(s)
                • Fabiano Ricardo de Oliveira
                Banca
                • Aldrovando Luís Azeredo Araújo
                • Hemerson Pistori
                • Maria Bernadete Zanusso
                Resumo Conjuntos Difusos São Usados Na Representação Deconhecimentos Vagos E Imprecisos. Redes Neurais, Além De Proverem Paralelismo Computacional, Também Possuem Capacidade De Aprendizado. A Combinação Desses Dois Paradigmas é Uma Tentativa De Reunir Os Benefícios De Ambos Em Um Sistema Híbrido Integrado, Tal Como Uma Rede Neural Difusa. T-normas São Funções Que Atuam Como Operadores De Intersecção E União De Conjuntos Difusos. Na Maioria Dos Casos, Redes Neurais Difusas Utilizam As T-normas Do Mínimo E Do Máximo Para Realizarem As Operações De Conjunção E Disjunção, Respectivamente. O Uso De Tais T-normas Impossibilita A Aplicação Direta Do Algoritmo De Treinamento Por Retro-propagação De Erros, Baseado No Cálculo Do Gradiente Descendente, Devido à Inexistência Da Derivada Do Erro Quadrático Médio. Uma Rede Neural, Na Maioria Das Vezes, é Incapaz De Tornar Explícito Seu Raciocínio De Decisão. Existem Vários Algoritmos Para Geração De Regras A Partir De Redes Treinadas. No Entanto, O Volume Das Regras Geradas Por Estes Algoritmos Pode Ser Muito Grande, Dificultando Sua Análise Por Parte Do Usuário. Na Literatura, Foram Apresentadas Várias Medidas De Avaliação E Algoritmos De Pós-processamento, Que Permitem Ao Usuário Focalizar Sua Atenção Nas Regras Que Mais Se Destacam Dentro Do Conjunto Gerado. O Objetivo Principal Deste Projeto é Aplicar T-normas Diferenciáveis E Interativas Para Realizarem As Operações De Conjunção E Disjunção Numa Rede Neural Difusa, Visando A Classificação E Geração De Regras. A Rede Neural Difusa Diferenciável (rndd), Objeto Desta Dissertação, é Completamente Conectada, Com Arquitetura Alimentada Adiante Em Três Camadas: A Camada De Entrada Difusa, A Camada Intermediária (composta Por Neurônios E) E A Camada De Saída (composta Por Neurônios Ou). Utiliza O Algoritmo De Retropropagação Para O Treinamento . Para A Geração De Regras, Será Utilizado O Algoritmo Backtracking. A Metodologia Proposta Foi Avaliada Em Aplicações Sobre O Conjunto De Dados Iris, Vogal E Em Outros Três Conjuntos Aleatoriamente Gerados, Com Resultados Promissores De Treino, Teste E Geração De Regras. Em Testes Sobre O Conjunto Vogal, A Taxa De Acerto Alcançada Foi De 80.3% E O Coeficiente Kappa Calculado Foi De 0.771. A Partir Da Rede Treinada Com Os Dados Iris Evogal, Foram Geradas Regras Difusas Justificando A Decisão Da Rede. Com O Desenvolvimento Do Sistema Proposto, Espera-se Obter Um Método Automático De Aquisição De Conhecimento A Partir De Exemplos De Dados.
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                  Aspectos Degenômica Comparativa.
                  Curso Mestrado em Ciência da Computação
                  Tipo Dissertação
                  Data 31/08/2006
                  Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                  Orientador(es)
                  • Nalvo Franco de Almeida Junior
                  Coorientador(es)
                    Orientando(s)
                    • Carlos Juliano Moura Viana
                    Banca
                    • Maria Emilia Machado Telles Walter
                    • Nalvo Franco de Almeida Junior
                    • Said Sadique Adi
                    Resumo Com O Avanço No Sequenciamento De Genomas E Facilidade No Acesso às Sequencias, Técnicas Computacionais De Análise Comparativa Tornaram-se Indispensáveis Ferramentas Para Uma Melhor Caracterização E Compreensão Dos Organismos Em Estudo. Um Projeto Genoma Consiste, Basicamente, Em 3 Grandes Fases: Sequenciamento, Anotação E Análise. A Segunda Fase, Anotação Consiste Em Determinar Onde, Em Cada Cromossomo, Se Encontram As Regiões Que Codificam Informações Genéticas, Os Genes, Assim Como Em Determinar A Caracterização Funcional De Cada Gene. Na Fase De Análise, Busca-se Uma Caracterização Do Organismo Estudado, Em Termos De Suas Funcionalidades Biológicas, A Partir Das Informações Geradas Nas Duas Fases Anteriores. Este Trabalho Está Inserido No Contexto Da Análise Do Genoma. Especificamente, O Trabalho Consiste Na Total Reformulação Do Pacote De Ferramentas Denominado Egg. A Reformulação Inclui A Reimplementação De Todo O Código-fonte, Bem Como A Descrição E Implementação De Novas Metodologias E Funcionalidades. O Objetivo Principal é Disponibilizar à Comunidade Científica Um Pacote Com Um Conjunto De Ferramentas Para A Comparação De Genomas No Nível Dos Seus Genes E Proteínas.
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                    Algoritmos Paralelos Para Extensão Linear Em Dígrafos.
                    Curso Mestrado em Ciência da Computação
                    Tipo Dissertação
                    Data 30/08/2006
                    Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                    Orientador(es)
                    • Edson Norberto Caceres
                    Coorientador(es)
                      Orientando(s)
                      • Anderson Corrêa de Lima
                      Banca
                      • Edson Norberto Caceres
                      • Elisabete Sousa Freitas
                      • Henrique Mongelli
                      • Marcelo Henriques de Carvalho
                      Resumo O Objetivo Principal Deste Trabalho Consistiu Em Estudar E Detalhar O Algoritmo Paralelo Pram Para Computar A Extensão Linear De Um Dígrafo Acíclico Planar, Devido A Kao E Klein (ka093). Para Dígrafos Acíclicos Gerais, A Obtenção De Uma Extensão Linear Não é Simples. Kao E Klein Mostraram Que No Modelo Pram Ela Só Pode Ser Obtida Por Meio De Computação Do Fecho Transitivo Do Dígrafo. Para A Classe Dos Dígrafos Acíclicos Planares. Kao E Klein Apresentam Um Algoritimo Paralelo Pram Para Computar A Extensão Linear Sem A Ncessidade De Computar O Fecho Transitivo Do Dígrafo. Esse Algoritmo, Entretanto, Utiliza Uma Série De Estruturas E Definições Próprias De Teoria Dos Grafos, Além De Outros Algoritmos Para Resolver Problemas Chaves Em Dígrafos. Dentre Estes, O Principal Algoritmo Estudado Foi O Algoritmo Paralelo Pram. Para Obtenção De árvores Geradoras Em Dígrafos Fortemente Conexos, Denominado Algoritmo Do Cd-par, Devido A Kao E Shannon (ka089). Kao E Klein Mostraram Que, Partindo Do Resultado Do Algoritmo Do Cd-par, Pode-se Obter Uma Decomposição Em Orelhas De Dígrafos Acíclicos Planares E, A Partir Desta, Alcançar A Extensão Linear. Essa Relação Entre árvores Geradoras E Decomposição Em Orelhas é A Base Para O Entendimento Do Algoritmo De Extenção Linear Proposto Por Kao E Klein E Amplamente Discutida Neste Trabalho.
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                      Uma Implementação Do Método Das Curvas Elíticas Para Fatoração De Números Inteiros.
                      Curso Mestrado em Ciência da Computação
                      Tipo Dissertação
                      Data 20/01/2006
                      Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                      Orientador(es)
                      • Elisabete Sousa Freitas
                      Coorientador(es)
                        Orientando(s)
                        • Adriana Betânia de Paula Molgora
                        Banca
                        • Cícero Fernandes De Carvalho
                        • Edson Norberto Caceres
                        • Elisabete Sousa Freitas
                        Resumo O Problema De Fatoração De Inteiros Tem Motivado Diversos Estudos Devido A Sua Aplicação Em Sistemas Criptográficos, Como O Rsa, Que Têm Sua Segurança Baseada Na Dificuldade De Fatorar Números Grandes. Um Dos Métodos Mais Poderosos Utilizados Na Fatoração De Inteiros é O Método Das Curvas Elíticas. Para Implementar Esse Método é Necessário Que Se Realize A Análise Dos Diversos Aspectos Envolvidos Neste Processo Como O Tratamento De Cálculos Com Números Muito Grandes E Os Algoritmos Aplicados A Aritmética Das Curvas Elíticas. Considerando Esses Fatos, Este Trabalho Apresenta Um Estudo Deste Método De Fatoração Descrevendo Os Elementos Matemáticos Envolvidos Em Seu Algoritmo Bem Como O Estudo De Uma Implementação Do Mesmo.
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                          Decomposição Em Orelhas De Grafos Cobertos Por Emparelhamentos.
                          Curso Mestrado em Ciência da Computação
                          Tipo Dissertação
                          Data 31/10/2005
                          Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                          Orientador(es)
                          • Marcelo Henriques de Carvalho
                          Coorientador(es)
                            Orientando(s)
                            • Denis Santos Silva
                            Banca
                            • Claudio Leonardo Lucchesi
                            • Fabio Henrique Viduani Martinez
                            • Marcelo Henriques de Carvalho
                            Resumo O Presente Trabalho Apresenta Um Estudo Sobre Emparelhamentos, Grafos Cobertos Por Emparelhamentos E Decomposição Em Orelhas De Grafos Cobertos Por Emparelhamentos, Procurando Exibir, Com A Maior Clareza Possível, Os Aspectos Mais Importantes Dos Tópicos Estudados.
                            Apresentamos Um Estudo Sobre As Barreiras Maximais Dos Grafos Elementares, Que São As Classes De Uma Partição Canônica De Grafos Elementares. Esse Estudo Nos Permitiu Aplicar Propriedades Interessantes Das Barreiras Maximais Em Algumas Provas De Resultados Importantes Da Teoria Do Emparelhamento. Além Disso, Esse Estudo é A Base Para O Estudo De Grafos Cobertos Por Emparelhamentos E Decomposição Em Orelhas De Grafos Cobertos Por Emparelhamentos, Onde Apresentamos Um Algoritmo Que Realiza Tal Decomposição Em Tempo O(\v\.\e\). Esse Algoritmo é, Atualmente, O Mais Eficiente Para A Decomposição Em Orelhas De Grafos Cobertos Por Emparelhamentos.
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                            Algoritmos Bsp/cgm Para O Fecho Transitivo.
                            Curso Mestrado em Ciência da Computação
                            Tipo Dissertação
                            Data 05/09/2005
                            Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                            Orientador(es)
                            • Edson Norberto Caceres
                            Coorientador(es)
                              Orientando(s)
                              • Cristiano Costa Argemon Vieira
                              Banca
                              • Edson Norberto Caceres
                              • Henrique Mongelli
                              • Siang Wun Song
                              Resumo Apresentamos Duas Estratégias E Dois Algoritmos Bsp/cgm Para Computar O Fecho Transititvo De Um Dígrafo. Nossas Idéias Foram Obtidas Através Da Avaliação Dos Resultados Obtidos Pelos Algoritmos Bsp/cgm De Alves Et Al. E Castro Jr.. Melhoramos O Desempenho Destes Algoritmos Diminuindo O Tamanho Das Mensagens Trocadas Entre Os Processadores, A Computação Local E A Quantidade De Rodadas De Comunicação Entre Os Processadores. Os Resultados Obtidos Através Da Implementação Das Nossas Estratégias E Algoritmos Foram Melhores Que Os Resultados Apresentados Por Outros Autores.
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                              Objetos Inteligentes Baseados em CLP para Aplicações Científicas
                              Curso Mestrado em Ciência da Computação
                              Tipo Dissertação
                              Data 15/04/2005
                              Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                              Orientador(es)
                              • Paulo Aristarco Pagliosa
                              Coorientador(es)
                                Orientando(s)
                                • Christian Cleber Masdeval Braz
                                Banca
                                • Joao Onofre Pereira Pinto
                                • Maria Bernadete Zanusso
                                • Paulo Aristarco Pagliosa
                                Resumo A Programação Lógica Com Restrições (constraint Logic Programming, Ou Clp) é Uma Classe De Linguagens De Programação Baseada Na Programação Lógica E Programação Com Restrições. Descende De Estudos Em áreas Diversas Como Inteligência Artificial, Linguagens De Programação E Otimização Combinatorial E Cada Vez Mais Vem Sendo Utilizada Para Modelar E Resolver Muitos Problemas Reais Complexos. O Objetivo Deste Trabalho é Propor, Validae E Implementar Um Conceito De Objeto Inteligente Baseado Em Clp. Um Objeto Inteligente Engloba Dados, Métodos E Também Conhecimento Declarativo E Mecanismos De Inferência, Os Quais Permitem A Este Utilizar Seu Conhecimento A Fim De Produzir Comportamentos Inteligentes. Este Conhecimento é Formulado Através De Regras Clp Que Estão Associados A Um Objeto Na Forma De Pseudo-métodos Declarados Na Classe Do Objeto. Esta Integração Respeita As Características Principais Da Orientação A Objetos___encapsulamento, Herança E Polimorfismo __, Resultando Em Aplicações Nas Quais A Computação Se Dá Em Um Universo Constituído Por Objetos Que Trocam Mensagens Entre Si. Dessa Forma, O Controle Das Ações Não é Exercido Por Um Mecanismo De Inferência Central, Mas Sim Pelo Fluxo Comum De Mensagens Em Aplicações Orientadas A Objetos. Com Isso, A Modelagem E A Implementação De Sistemas Complexos Que Necessitem Fazer Uso Das Técnicas Introduzidas Pela Clp Podem Continuar Sendo Baseadas No Paradigma Da Orientação A Objetos. Os Benefícios São Reusabilidade , Manutenabilidade, Legibilidade E Eficiênica Que Podem Ser Alcançados Em Programas Que Utilizam Este Paradigma, Além De Tornar, Para Os Engenheiros De Sistemas, Mais Intuitiva E Natural A Absorção Desta Técnica De Inteligëncia Artificial.
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                                  Etw: Um Núcleo Para Simulação Distribuída Otimista.
                                  Curso Mestrado em Ciência da Computação
                                  Tipo Dissertação
                                  Data 24/02/2005
                                  Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                                  Orientador(es)
                                  • Renata Spolon Lobato
                                  Coorientador(es)
                                    Orientando(s)
                                    • Rodrigo Porfírio da Silva Sacchi
                                    Banca
                                    • Fabio Henrique Viduani Martinez
                                    • Henrique Mongelli
                                    • Marcos Antônio Cavenaghi
                                    • Renata Spolon Lobato
                                    Resumo Este Trabalho Apresenta Um Núcleo Para Simulação Distribuída Otimista Com Base No Protocolo Time Warp, Denominado Basic Extensible Time Warp Kernel (etw), O Qual Tem Como Objetivo Permitir A Avaliação De Desempenho De Sistemas Discretos De Uma Forma Geral, E Em Especial Os Computacionais, Através Da Solução De Modelos De Redes De Filas. A Adição De Plugins Permite Alterações E/ou Extensões Da Funcionalidade Do Núcleo. Um Dos Aspectos Da Implementação Do Etw Merece Atenção: O Uso De Programação Orientada A Objetos E, Ao Mesmo Tempo, O Uso De Programação Estruturada. Isso Permite Explorar Amplamente A Programação Orientada A Objetos Para Estender O Etw Através Da Mudança De Classes Responsáveis, Por Exemplo, Pelo Cálculo Do Gvt (global Virtual Time) Ou Salvamento De Estados, Ao Mesmo Tempo Em Que Permite O Uso De Conhecimento Prévio Do Modelador Sobre A Extensão Funcional Smpl (simulation Programming Language). Cada Processo Da Simulação Com O Etw Implementa Um Processo Lógico Da Simulação Distribuída Time Warp. A Estrutura Da Simulação Sequencial Executada Em Cada Processo Da Simulação Distribuída Segue A Abordagem De Orientação A Eventos, Com Base Na Extensão Funcional Smpl. Os Processos Interagem Entre Si Através Da Troca De Mensagens Feita Com As Primitivas De Comunicação Do Lam-mpi (message Passing Interface). Foram Feitos Estudos Com Modelos De Redes De Filas, Que Permitiram Identificar Uma Possível Métrica Que Poderá Auxiliar Na Troca Dinâmica De Protocolos (o Comprimento Médio De Rollbacks Primários).
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                                      Protocolo Conservativo Cmb Para Simulação Distribuída
                                      Curso Mestrado em Ciência da Computação
                                      Tipo Dissertação
                                      Data 24/02/2005
                                      Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                                      Orientador(es)
                                      • Renata Spolon Lobato
                                      Coorientador(es)
                                        Orientando(s)
                                        • Marta Oliveira da Silva Lopes dos Santos
                                        Banca
                                        • Marcos Antônio Cavenaghi
                                        • Renata Spolon Lobato
                                        • Roberta Spolon Ulson
                                        Resumo Este Trabalho Apresenta A Ferramenta Cmb-simulation, Uma Extensão Da Linguagem C Para Sincronização De Processos Na Simulação Distribuída Conservativa. Cmb-simulation Permite O Uso Da Abordagem De Mensagens Nulas Ou Da Abordagem De Mensagens Nulas Sob Demanda Na Simulação De Redes De Filas. A Ferramenta Foi Desenvolvida Com Base Na Estrutura De Smpl, Uma Extensão Da Linguagem C Que Implementa Simulação Sequencial Orientada A Eventos, E Utiliza O Mpi Para Troca De Mensagens Entre Os Processos Que Compõem A Simulação Distribuída (no Sistema Operacional Linux). Os Testes Efetuados Com Diversos Modelos De Filas Mostram A Utilização Da Ferramenta Na Avaliação Da Simulação Distribuída Conservativa.
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                                          Processo de Desenvolvimento de uma Linha de Produtos para Sistemas de Gestão de Bibliotecas
                                          Curso Mestrado em Ciência da Computação
                                          Tipo Dissertação
                                          Data 10/11/2004
                                          Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                                          Orientador(es)
                                          • Marcelo Augusto Santos Turine
                                          Coorientador(es)
                                            Orientando(s)
                                            • César Rosas Aragon
                                            Banca
                                            • Jose Craveiro da Costa Neto
                                            • Marcelo Augusto Santos Turine
                                            • Rosana Terezinha Vaccare Braga
                                            Resumo A Necessidade De Técnicas Que Auxiliem O Projeto E O Desenvolvimento De Softwares De Maior Qualidade E Em Menor Tempo é Uma Das Preocupações Da Engenharia De Software . Muitos Produtos De Software São Desenvolvidosem Função De Artefatos Já Especificados E Implementados, Utilizando Técnicas De Reutilização De Software. Neste Contexto, A Técnica Linha De Produtos De Software (lps) Surge Como Uma Proposta De Construção E Reutilização Sistemática De Software Baseado Num Domínio Específico. O Objetivo Deste Trabalho é Propor Um Processo De Desenvolvimento De Lps Orientado A Família De Produtos No Domínio De Sistemas De Gestão De Bibliotecas (sgb), Considerado Como Um Subdomínio De Gestão De Recursos De Negócio. O Processo é Baseado Em Três Passos (qualificação Do Domínio, Engenharia Do Domínio E Engenharia Da Aplicação) E Define Um Conjunto De Sistemas Que Compartilham Um Grupo De Características Similares E Variáveis Que Satisfazem As Necessidades Específicas Do Domínio. Os Três Elementos Da Arquitetura De Lps Gerada São: A Linguagem De Padrões De Gestão De Recursos De Biblioteca (grb), O Framework De Gestão De Recursos De Sistemas De Biblioteca (grsb) E Os Modelos Da Família De Produtos De Software (fps) (modelos De Feature, De Casos De Uso E De Classes). A Linguagem Grb Elaborada é Baseada Na Linguagem De Recursos De Negócio Grn. Alguns Padrões Da Grn Foram Adaptados às Necessidades Específicas Do Domínio De Sgb. O Framework Grsb Proposto é Baseado No Framework De Gestão De Recursos De Negócio Gren E Permite Instanciar Aplicações Do Domínio De Sgb Utilizando A Linguagem De Padrões Grb.para Automatizar O Processo De Lps Foi Implementada A Ferramenta Gestão De Recursos De Sistemas De Biblioteca Denominada Grsb-wizard. Para Avaliar A Arquitetura De Lps E A Ferramenta Grsb-wizard Dois Estudos De Caso No Domínio De Sgb Foram Realizados.
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                                              Algoritmos Bsp/cgm Para Ordenação
                                              Curso Mestrado em Ciência da Computação
                                              Tipo Dissertação
                                              Data 20/08/2004
                                              Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                                              Orientador(es)
                                              • Henrique Mongelli
                                              Coorientador(es)
                                                Orientando(s)
                                                • Luciano Gonda
                                                Banca
                                                • Edson Norberto Caceres
                                                • Henrique Mongelli
                                                • Siang Wun Song
                                                Resumo O Problema De Ordenação é Um Assunto Bastante Estudado Em Computação. Ordenar Uma Seqüência S = (a1, A2, . . . , An), Consiste Em Obter Uma Seqüência S0 = (a01, A02, . . . , A0n), Onde A0i _ A0j , Se I < J. A Paralelização De Problemas é Utilizada Para Reduzir O Tempo De Execução Dos Problemas Que Necessitam De Alto Poder De Processamento. Neste Trabalho Descreveremos Três Algoritmos De Ordenação Paralelos Desenvolvidos No Modelo Bsp/cgm, No Qual Cada Processador Possui Memória De Tamanho O(n P ), E Em Cada Rodada De Comunicação São Enviados Ou Recebidos, No Maximo, O(n P ) Dados. Neste Modelo Queremos Sempre Minimizar O Número De Rodadas De Comunicação. Os Algoritmos Que Descreveremos São: Ordenação-bitonica, Ordenação-cd E Ordenação-por-divisão. O Algoritmo Ordenação-bitonica Utiliza O(log P) Rodadas De Comunicação E Tempo De Computação Local O(n Log Np ). Os Algoritmos Ordenação-cd Ordenação-por-divisão Utilizam O(1) Rodadas De Comunicação E Tempo De Computação Local O(n Log N P ). A Implementação Do Algoritmo Ordenação-cd Apresenta Resultados Muito Bons Em Relação Ao Tempo De Execução, Mostrando Que Este Algoritmo é Eficiente Se Executado Para Entradas Grandes.
                                                Segundo Os Resultados Experimentais, O Algoritmo Ordenação-cd é O Que Apresenta Os Melhores Resultados Para Todas As Entradas. O Problema De Ordenação é Um Assunto Bastante Estudado Em Computação. Ordenar Uma Seqüência S = (a1, A2, . . . , An), Consiste Em Obter Uma Seqüência S0 = (a01, A02, . . . , A0n), Onde A0i _ A0j , Se I < J. A Paralisação De Problemas ´e Utilizada Para Reduzir O Tempo De Execução Dos Problemas Que Necessitam De Alto Poder De Processamento. Neste Trabalho Descreveremos Três Algoritmos De Ordenação Paralelos Desenvolvidos No Modelo Bsp/cgm, No Qual Cada Processador Possui Memória De Tamanho O(n P ), E Em Cada Rodada De Comunicação São Enviados Ou Recebidos, No Máximo, O(n P ) Dados. Neste Modelo Queremos Sempre Minimizar O Número De Rodadas De Comunicação. Os Algoritmos Que Descreveremos São: Ordenação-bitonica, Ordenação -cd E Ordenação-por-divisão. O Algoritmo Ordenação-bitonica Utiliza O(log P) Rodadas De Comunicação E Tempo De Computação Local O(n Log N P ). Os Algoritmos Ordenação-cd E Ordenação-por-divisão Utilizam O(1) Rodadas De Comunicação E Tempo De Computação Local O(n Log N P ). A Implementação Do Algoritmo Ordenação-cd Apresenta Resultados Muito Bons Em Relação Ao Tempo De Execução, Mostrando Que Este Algoritmo é Eficiente Se Executado Para Entradas Grandes. Segundo Os Resultados Experimentais, O Algoritmo Ordenação-cd é O Que Apresenta Os Melhores Resultados Para Todas As Entradas.
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                                                  Algoritmos Em Para Aprendizagem De Redes Bayesianas A Partir De Dados Incompletos.
                                                  Curso Mestrado em Ciência da Computação
                                                  Tipo Dissertação
                                                  Data 29/07/2004
                                                  Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                                                  Orientador(es)
                                                  • Maria Bernadete Zanusso
                                                  Coorientador(es)
                                                    Orientando(s)
                                                    • José Eduardo Ochoa Luna
                                                    Banca
                                                    • Maria Bernadete Zanusso
                                                    • Paulo Aristarco Pagliosa
                                                    • Wagner Teixeira Da Silva
                                                    Resumo O Objetivo Deste Trabalho é Implementar Algoritmos De Aprednizagem Para Redes Bayesianas A Partir De Dados Incompletos Baseando-se No Algoritmo Expectation Maximization (em). Redes Bayesianas São Modelos Gráficos Para Representar Incerteza E Raciocinar Com Probabilidades. São Formadas De Uma Estrutura Que Define As Relações De Independência Entre Variáveis, E De Parâmetros Numéricos Que São As Probabilidades Condicionadas Pela Estrutura. Em Geral, Um Especialista Define Este Modelo, Porém, Também Pode-se Aprender A Estrutura E Parâmetros A Partir De Dados Disponíveis Quando Os Dados São Completos, A Aprendizagem Das Probabilidades é Simples, Pois São Baseadas Em Frequências. Quando Os Dados São Incompletos, O Algoritmo Em Permite Determinar Valores Faltosos Mediante Estimativas De Máxima Verossimilhança. Neste Trabalho Foi Implementado O Algoritmo Em Paramétrico De Lauritzen Para Completar Os Dados E Realizar A Aprednizagem Das Probabilidades Para O Caso De Uma Estrutura Qualquer. O Algoritmo Em De Friedman Foi Implementado Para Aprendizagem De Estrutura Baseando-se No Paradigma De Busca E Pontuação, O Qual, Entre Várias Estruturas Candidatas, Define A De Maior Pontuação, Segundo Uma Métrica, Para Ser A Estrutura Intermediária De Um Processo Iterativo Que Busca A Estrutura ótima Para Os Dados Incompletos. O Processo Começa A Partir De Uma Estrutra Aleatória, Completa Os Dados A Cada Estrutura Intermediária E Aprende Suas Probabilidades Usando Em De Lauritzen. Do Mesmo Modo Que As Propostas Atuais De Implementação Oferece-se Soluções Descobrindo Distribuições De Probabilidades Conjuntas Para Futuras Inferências E Descoberta De Relações Causais Entre Variáveis, Mas Ainda Estão Sujeitas A Melhorias, Principalmente Quanto A Otimizar O Tempo De Execução. As Soluções Obtidas Neste Trabalho São Semelhantes Com As Redes Reais Usadas Para Teste, Como O Bench Mark Alarm E Outras, Sendo Que, Para Comparações, Foi Medida A Qualidade Das Probabilidades Em Termos Da Entropia Cruzada E Das Estruturas Aprendidas Em Termos De Diferenças Topológicas, Ou Seja, Inclusão Ou Exclusão Correta De Arcos. Com Suporte Na Plataforma Da Ferramenta Unbbayes O Estudo Foi Desenvolvido Ampliando, Depois, Sua Própria Base Para A Construção De Redes Bayesianas E A Realização De Processos De Inferênia Diagnóstica Ou Preditiva No Caso De Dados Incompletos.
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                                                      Instantfaq: Uma Ferramenta Web Para Gestão De Faq Construída Segundo A Abordagem Adcomp.
                                                      Curso Mestrado em Ciência da Computação
                                                      Tipo Dissertação
                                                      Data 18/05/2004
                                                      Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                                                      Orientador(es)
                                                      • Marcelo Augusto Santos Turine
                                                      Coorientador(es)
                                                        Orientando(s)
                                                        • Érika Ishy
                                                        Banca
                                                        • Antonio Francisco Do Prado
                                                        • Marcelo Augusto Santos Turine
                                                        • Paulo Aristarco Pagliosa
                                                        Resumo A Influência Positiva Da Web Tem Motivado Uma Demanda De Aplicações Que Combinam Navegação E Interatividade. Tais Aplicações, Cada Vez Mais Complexas, Necessitam De Métodos E Tecnologias Que Visam Um Desenvolvimento Com Qualidade A Baixo Custo. Nesta Perspectiva, Técnicas De Reuso Combinadas Com Métodos E Tecnologias Da Engenharia De Software Baseada Em Componentes Permitem Que Aplicações Baseadas Na Web (webapps) Sejam Criadas Rapidamente A Partir De Partes Pré-construídas E Testadas. Apesar Das Recentes Pesquisas Na área De Desenvolvimento Baseado Em Componentes Muitos Métodos Possuem Uma Didática De Difícil Compreensão E/ou Seus Processos São Complexos, Dificultando Sua Disseminação E Sua Utilização Na Prática. Desta Forma, Neste Trabalho é Proposta Uma Abordagem De Desenvolvimento De Software Baseada Em Componentes Denominada Adcomp, Resultante Da Pesquisa De Vários Métodos Atuais (catalysis, Rational Unified Process E Uml Components), Objetivando Definir Um Processo Intuitivo, Simples, Direto E Prático. A Adcomp é Dividida Em Três Etapas: (1) Definição De Requisitos, (2) Definição De Componentes E (3) Implementação De Componentes; Sendo A Segunda Etapa Dividida Nas Seguintes Fases: (i) Identificação Do Componente, (ii) Interação Do Componente E (iii) Especificação Do Componente. Uma De Suas Características é Modelar Os Componentes De Forma A Integrar A Especificação Dos Componentes Com Sua Implementação Numa Linguagem Executável: Java Como Linguagem De Programação E Ejb (enterprise Javabeans) Como Modelo De Componentes. Além Disto, Todas Estas Etapas E Fases São Desenvolvidas E Gerenciadas Pela Ferramenta Case Mvcase Do Departamento De Computação Da Ufscar Que Oferece Suporte à Uml (unified Modeling Language), O Modelo De Componentes Ejb E O Padrão Corba (common Object Request Broker Architecture) Para Aplicações Distribuídas. Para Validar A Abordagem é Elaborado Um Estudo De Caso De Uma Ferramenta Web De Interatividade Baseada Em Componentes Para Gestão De Faq (frequently Asked Questions) E De Fale Conosco Denominada Instantfaq. Uma Ferramenta Multicamada Que Pode Ser Integrada E Reutilizada Em Diversas Webapps Como Mecanismo De Comunicação E De Coordenação Para Administradores E Usuários. Como Meio De Validar Suas Funcionalidades E Sua Reutilização, A Instantfaq é Integrada Em Duas Webapps: (1) Ambiente De Educação Aberta E A Distância Teleduc Do Núcleo De Informática Aplicada à Educação Da Unicamp E (2) Sistema De Informação De Gestão Social (sigs) Para Avaliação E Monitoramento De Programas De Transferência De Renda Do Instituto De Estudos Especiais Da Puc/sp Em Parceria Com O Departamento De Computa~ao E Estatística Da Ufms.
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                                                          Regiões Ortólogas Em Múltiplos Genomas.
                                                          Curso Mestrado em Ciência da Computação
                                                          Tipo Dissertação
                                                          Data 16/04/2004
                                                          Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                                                          Orientador(es)
                                                          • Nalvo Franco de Almeida Junior
                                                          Coorientador(es)
                                                            Orientando(s)
                                                            • Luciana Montera
                                                            Banca
                                                            • Marcelo Augusto Santos Turine
                                                            • Maria Emilia Machado Telles Walter
                                                            • Nalvo Franco de Almeida Junior
                                                            Resumo Este Trabalho Apresenta Uma Metodologia Para Encontrar Regiões Contíguas De Genes Entre Vários Genomas, Que Evolutivamente Conservam A Ordem E O Conteúdo Gênico. Tais Regiões, Por Terem Se Preservado Ao Longo Da Evolução, São Descritas Como Potenciais Detentoras De Funcionalidades Em Organismos Procariotos Evolutivamente Próximos. A Principal Contribuição Do Trabalho Consiste Num Algoritmo Baseado Na Abordagem Do Problema De Cliques Maximais Em Grafos Para A Determinação De Regiões De Genes Conservados Entre ,múltiplos Genomas. Um Sistema Via Web Foi Desenvolvido Para Permitir Ao Usuário Realizar As Comparações Entre Múltiplos Genomas E Visualiuzar Graficamente Os Resultados Obtidos.
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                                                              O Problema Da K-cobertura Por Vértices: Uma Implementação Fpt No Modelo Cgm.
                                                              Curso Mestrado em Ciência da Computação
                                                              Tipo Dissertação
                                                              Data 15/03/2004
                                                              Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                                                              Orientador(es)
                                                              • Henrique Mongelli
                                                              Coorientador(es)
                                                                Orientando(s)
                                                                • Erik Joey Hanashiro
                                                                Banca
                                                                • Edson Norberto Caceres
                                                                • Henrique Mongelli
                                                                • Siang Wun Song
                                                                Resumo Em Muitas Situações Práticas Precisamos Resolver Problemas Np-completos Com Exatidão. A Complexidade Parametrizada é Um Método Promissor Para Lidarmos Com A Intratabilidade De Alguns Problemas, Principalmente Aqueles Cuja Entrada Pode Ser Dividida Em Uma Parte Principal E Um Parâmetro. A Parte Principal Da Entrada Contribui Polinomialmente Na Complexidade Total Do Problema, Enquanto A Aparentemente Inevitável Explosão Combinatorial Fica Confinada Ao Parâmetro. Neste Trabalho Estudamos A Teoria Sobre Complexidade Parametrizada E O Algoritmo Fpt Paralelo De Cheetham Et Al. No Modelo Bsp/cgm Para O Problema Da K-cobertura Por Vértices, E Nossa Contribuição é Apresentar Uma Implementação Refinada E Melhorada De Tal Algoritmo. A Escolha De Boas Estruturas De Dados E O Uso Da Técnica De Backtracking Em Nossa Implementação Foram Fundamentais Para Que Obtivessemos Tempos Paralelos Melhores Em Nossos Experimentos. Utilizamos Cinco Grafos De Onflitos Referentes A Aminoácidos, Os Mesmos Usados Por Cheetham Et Al. Em Seus Experimentos. Mesmo Utilizando Um Ambiente Computacional Inferior Ao Usado Por Cheetham Et Al., Para Dois Desses Grafos Obtivemos Tempos Aproximadamente 115 Vezes Melhores, Para Um Deles 16 Vezes Melhor E, Para Os Grafos Restantes Obtivemos Tempos Um Pouco Melhores. Além Disso, Para Três Desses Grafos Obtivemo Coberturas Por Vértice De Tamanho Menor.
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