| Reconhecimento de Doenças da Cultura da Soja usando Vetores Localmente Agregados e Atribuições Leves |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
04/08/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Rillian Diello Lucas Pires
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| Banca |
- Anderson Vicoso de Araujo
- Denilson de Oliveira Guilherme
- Hemerson Pistori
- Wesley Nunes Goncalves
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| Resumo |
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| O Problema da Seleção de Segmentos Específicos: algoritmos e aplicações |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
31/07/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Francisco Eloi Soares de Araujo
- Leonardo Rippel Salgado
- Nahri Balesdent Moreano
- Said Sadique Adi
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| Resumo |
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| Utilização de Técnicas de Integração de Software para Aplicações Web no Contexto de Ferramentas de Acessibilidade |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
29/06/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Maria Istela Cagnin Machado
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Andre Cavalcante Hora
- Debora Maria Barroso Paiva
- Maria Istela Cagnin Machado
- Tiago Guerreiro
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| Resumo |
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| BovChewing - Ferramenta de segmentação e classificação de comportamento bovino por meio de bioacústica e aprendizado de máquina |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
28/04/2017 |
| Área |
LÓGICAS E SEMÂNTICA DE PROGRAMAS |
| Orientador(es) |
- Claudio Leonardo Lucchesi
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Claudio Leonardo Lucchesi
- Edson Takashi Matsubara
- Fabiana Villa Alves
- Jonathan de Andrade Silva
- Julio Kuhn da Trindade
- Marcelo Henriques de Carvalho
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| Resumo |
O uso de métodos da bioacústica para análises comportamentais têm se desenvolvido com intensidade nos últimos anos, por se tratar de métodos não invasivos buscando uma melhora no monitoramento de precisão de rebanhos. Entretanto, a análise desses dados geralmente requer especialistas e muito tempo tornando-se assim uma tarefa geralmente difícil, tendo a necessidade de construir maneiras de automatizar a fase da análise dos dados.
Existem trabalhos que focam na automatizac~ao da análise dos dados com resultados satisfatórios, mas utilizam de base dados com gravitações feitas em condições controladas e poucos classificam eventos de ruminação. Essa dissertação propõe o BovChewing, uma ferramenta capaz de detectar e classificar eventos ingestivos, baseados em métodos semisupervisionado para a detecção e supervisionado para a classificação, realizando assim a análise dos dados. Experimentos mostraram resultados que a ferramenta é sufi ciente e satisfatória para com a tarefa obtendo uma acurácia de 63% na tarefa de segmentação e 91% na tarefa de classificação. Trabalhos futuros apontam para a melhora do segmentador, integrac~ao com outras ferramentas de análises de comportamentos bovinos e processamento dos dados na nuvem como uma forma de construir um sistema completo. |
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| Inferência de Redes de Regulação Gênica usando Computação Paralela Híbrida |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
19/04/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Carlos Henrique Aguena Higa
- Francisco Eloi Soares de Araujo
- Luiz Carlos da Silva Rozante
- Marco Aurelio Stefanes
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| Resumo |
A inferência é o processo de esclarecer as relações formadas entre produtos gênicos/proteínas por meio de um modelo matemático. Conceitualmente este é um problema mal-posto, uma vez que a partir de uma amostra de
dados de expressão gênica é possível inferir diversas redes consistentes com essa amostra. Dependendo do algoritmo, o processo de inferência pode levar horas e até dias devido ao tamanho da rede e complexidade do algoritmo. O algoritmo sequencial de inferência utilizado neste trabalho baseia-se no paradigma de crescimento da semente e possui dois passos: passo de crescimento da semente e passo de inferência. Neste trabalho, desenvolvemos três versões paralelas desse algoritmo de inferência com as seguintes abordagens: cluster e CPUs, GPU/CUDA e híbrida. Essas versões apresentam custos aceitáveissendo comparadas com o algoritmo sequencial.
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| Implantação Eficiente de Múltiplas Coreografias de Serviços em Nuvens Híbridas |
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| Curso |
Doutorado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Tese |
| Data |
06/04/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Bruno Richard Schulze
- Daniel de Angelis Cordeiro
- Edson Norberto Caceres
- Fabio Moreira Costa
- Humberto José Longo
- Kleber Vieira Cardoso
- Ricardo Couto Antunes da Rocha
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| Resumo |
Esta tese apresenta uma abordagem baseada em modelos para abstrair, simplificar e automatizar as decisões de gerenciamento de recursos em nuvem ao implantar um conjunto de coreografias de serviços sujeitas a restrições não-funcionais. Dada uma descrição em alto nível das coreografias e das restrições relacionadas, a abordagem realiza de maneira autônoma a estimativa, a seleção e a alocação dos recursos em um ambiente de nuvem híbrida com múltiplos provedores, enquanto reduz os custos associados à utilização dos recursos e o atraso de comunicação entre os serviços. A principal motivação para o seu desenvolvimento se deve ao fato das coreografias de serviço serem amplamente utilizadas para o desenvolvimento de soluções com necessidades complexas, que geralmente compartilham serviços entre si. Isso faz com que o gerenciamento de recursos esteja sujeito a uma série de desafios, principalmente relacionados aos diferentes papéis que um serviço assume, à interferência que uma restrição causa em outra e à grande quantidade de tipos de recurso a serem considerados. A tese também propõe uma arquitetura que agrega à abordagem uma proposta para a automação das atividades relacionadas ao gerenciamento dinâmico de recursos como forma de reparar violações detectadas sobre as restrições. Esta arquitetura foi parcialmente implementada em um protótipo que foi utilizado na avaliação da abordagem. |
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| Programação de Espaços Inteligentes Utilizando Modelos em Tempo de Execução |
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| Curso |
Doutorado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Tese |
| Data |
04/04/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Leandro Alexandre Freitas
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| Banca |
- Arlindo Flávio da Conceição
- Fabio Moreira Costa
- Fabrizzio Alphonsus Alves de Melo Nunes Soares
- Francisco José da Silva e Silva
- Jó Ueyama
- Ricardo Couto Antunes da Rocha
- Ronaldo Alves Ferreira
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| Resumo |
O crescimento e a popularização cada vez maior da conectividade sem fio e dos dispositivos móveis, tem permitido a construção de espaços inteligentes que antes eram vislumbrados apenas na proposta de computação ubíqua do cientista da Xerox PARK, Mark Weiser. Esses espaços inteligentes são compostos por diversos recursos computacionais, como dispositivos, serviços e aplicações, além de usuários, que devem ser capazes de se associar a esses recursos. Entretanto, a programação destes ambientes é uma tarefa desafiadora, uma vez que os espaços inteligentes possuem uma natureza dinâmica, os recursos se apresentam de forma heterogênea e é necessário que as interações entre usuários e dispositivos sejam coordenadas. Neste trabalho desenvolvemos uma nova abordagem para programação de espaços inteligentes, por meio de modelos em tempo de execução. Para isso, propomos uma linguagem de modelagem de alto nível, denominada Smart Space Modeling Language (2SML), em que o usuário é capaz de modelar o espaço inteligente com todos os elementos que dele podem fazer parte. Esse modelo desenvolvido pelo usuário é interpretado e realizado no espaço físico por uma máquina de execução de modelos, denominada Smart Space Virtual Machine (2SVM), cujo desenvolvimento é parte deste trabalho. |
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| Redes Neurais Convolucionais Profundas na Detecção de Plantas Daninhas em Cultura de Soja |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
16/03/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Alessandro dos Santos Ferreira
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| Banca |
- Eraldo Luis Rezende Fernandes
- Hemerson Pistori
- Marcelo Theophilo Folhes
- Marco Hiroshi Naka
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| Resumo |
Ervas daninhas são plantas indesejadas que crescem em culturas agrícolas, como as de soja, competindo por diversos fatores como luz e água e causando prejuízos às lavouras. O objetivo deste trabalho foi utilizar Redes
Neurais Convolucionais para realizar a detecção de ervas daninhas em imagens de lavouras de soja e classificar essas ervas daninhas entre gramíneas e folhas largas, visando direcionar o herbicida específico ao tipo de erva daninha detectado. Para esse objetivo foi realizada uma plantação de soja em Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brasil e com o uso do drone Phantom DJI 3 Professional foi capturado um grande número de imagens da
cultura. Com essas fotografias foi construído um banco de imagens contendo mais de quinze mil imagens do solo, soja e ervas daninhas de folhas largas e gramíneas. As Redes Neurais Convolucionais utilizadas representam uma arquitetura de Aprendizado Profundo que vêm alcançando notável destaque no reconhecimento de imagens. Para o treinamento da Rede Neural foi utilizada a arquitetura CaffeNet, disponível no software Caffe, que consiste de uma replicação da conhecida rede AlexNet, que venceu a competição ImageNet LSRVC de 2012. Foi implementado também um software, Pynovisão, que através do uso do segmentador SLIC Superpixel, ajudou na construção de um banco de imagens robusto e na classificação das imagens utilizando o modelo treinado pelo software Caffe. Para comparar os resultados da Rede Neural Convolucional, foram utilizados os algoritmos Máquina de Vetores de Suporte, AdaBoost e Florestas Aleatórias em conjunto com uma coleção de extratores de atributos de forma, cor e textura. Como resultado, utilizando as Redes Neurais Convolucionais, este trabalho obteve precisão acima de 98% na detecção de ervas daninhas de folhas largas e gramíneas em relação ao solo e a soja, com média de precisão entre todas as imagens superior a 99%. |
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| Exploração do Espaço de Projetos de Sistemas Multiprocessadores Guiado por Dark Silicon |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
03/03/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Ricardo Ribeiro dos Santos
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Ana Caroline dos Santos Silva
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| Banca |
- Edson Takashi Matsubara
- Liana Dessandre Duenha Garanhani
- Ricardo Ribeiro dos Santos
- Sarita Mazzini Bruschi
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| Resumo |
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| Aprendizado de Representações para Adaptação de Domínio de Etiquetagem Morfossintática |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
08/02/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Eraldo Luis Rezende Fernandes
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Bruno Magalhaes Nogueira
- Eraldo Luis Rezende Fernandes
- Rafael Geraldeli Rossi
- Ricardo Marcondes Marcacini
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| Resumo |
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| Um Arcabouço Computacional de Apoio à Instanciação de Linhas de Processos de Negócios |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
08/02/2017 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Maria Istela Cagnin Machado
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Delacyr Almeida Monteiro Ferreira
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| Banca |
- Bruno Barbieri de Pontes Cafeo
- Debora Maria Barroso Paiva
- Maria Istela Cagnin Machado
- Rogéria Cristiane Gratão de Souza
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| Resumo |
A modelagem de processos de negócio possui grande importância no contexto organizacional, pois auxilia a definição de novos processos e o aprimoramento dos existentes para tornar as organizações mais competitivas e eficientes. O uso de técnicas de reúso de software no contexto de processos de negócio é um mecanismo para viabilizar o reúso eficiente de modelos de processos de negócio, como é o caso de Linhas de Processos de Negócio (LPN). O apoio computacional se torna importante no âmbito de LPN pois facilita a construção, instanciação e evolução das linhas, uma vez que os modelos criados são complexos devido às características inerentes ao domínio e ao dinamismo do negócio. Apesar da existência de diversas abordagens de LPN na literatura, há carência de técnicas e ambientes computacionais que apoiem o processo de instanciação de LPNs. O objetivo deste trabalho é aprimorar a abordagem de Gestão de Linhas de Processos de Negócios (GLPN) para tornar a instanciação de LPNs mais eficiente. Esse aprimoramento é alcançado no processo de Engenharia de Domínio do Negócio (EDN) da GLPN possibilitando a criação de um ou mais TMPNs para LPNs com processos de negócio mais complexos, além da substituição do formulário de configuração por um modelo de configuração criado no processo de Engenharia de Processo de Negócio (EPN), facilitando assim a reusabilidade das LPNs. Além disso, o BPL-Framework, ferramenta responsável pela construção de LPNs com base na abordagem GLPN, é evoluído obtendo-se o BPL-Framework 2.0 para contemplar também fases do processo de Engenharia de Processo de Negócio (EPN), responsáveis pela instanciação de LPNs. O BPL-Framework 2.0 é avaliado com base em requisitos de avaliação, definidos a partir da norma ISO/IEC 25000. Os resultados da avaliação indicam que o BPL-Framework 2.0 atende aos requisitos avaliados e propicia a instanciação de LPNs em conformidade com a abordagem GLPN com a acurácia, legibilidade e usabilidade adequadas, contribuindo também para a redução significativa no tempo de instanciação e de erros sintáticos, semânticos e de configuração das instânciasdas LPNs. |
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| Solução de problemas em Grafos através da Lógica Monádica de Segunda Ordem e da Decomposição em Árvore |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
09/01/2017 |
| Área |
TEORIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Luciano Gonda
- Marcelo Henriques de Carvalho
- Sheila Morais de Almeida
- Vagner Pedrotti
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| Resumo |
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| Novas Abordagens de Aprendizado Semisupervisionado por Conectividade Ótima |
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| Curso |
Doutorado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Tese |
| Data |
19/12/2016 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Marcelo Henriques de Carvalho
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Willian Paraguassu Amorim
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| Banca |
- Alexandre Xavier Falcão
- Bruno Magalhaes Nogueira
- Edson Takashi Matsubara
- Flávio Keidi Miyazawa
- Hemerson Pistori
- Marcelo Henriques de Carvalho
- Moacir Antonelli Ponti
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| Resumo |
A anota¸c˜ao de grandes bases de dados por um classificador ´e um problema cujo desafio
aumenta `a medida que o n´umero de amostras supervisionadas usadas para treinar o classificador reduz em compara¸c˜ao com o n´umero de amostras n˜ao supervisionadas. Neste
contexto, m´etodos de aprendizagem semisupervisionados visam a descoberta e propaga¸c˜ao
de r´otulos para amostras informativas entre as n˜ao supervisionadas, de tal forma que a
sua adi¸c˜ao `a classe correta no conjunto de treinamento possa melhorar o desempenho de
classifica¸c˜ao. Esta tese de doutorado apresenta uma s´erie de novas abordagens de aprendizado semisupervisionado com base na metodologia adotada por Floresta de Caminhos
´ Otimos (OPF). Esta metodologia interpreta o problema de reconhecimento de padr˜oes
como um problema de busca em grafo, onde os n´os s˜ao amostras de treinamento, os arcos s˜ao definidos por uma dada rela¸c˜ao de adjacˆencia, e os caminhos s˜ao avaliados por
alguma fun¸c˜ao de conectividade. N´os prot´otipos s˜ao identificados entre as amostras de
treinamento e a competi¸c˜ao entre eles faz com que cada amostra seja conquistada (rotulada) pelo prot´otipo que lhe oferece um caminho ´otimo. O resultado ´e um classificador —
floresta de caminhos ´otimos enraizado no conjunto de prot´otipos. Classificadores podem
ser criados por uma ou m´ultiplas execu¸c˜oes do algoritmo OPF para diferentes grafos e
fun¸c˜oes de conectividade. Apresentamos duas abordagens (OPFSEMI e OPFSEMImst)
para o problema de r´otulo ´unico, que diferem entre si em rela¸c˜ao aos prot´otipos finais
e ao n´umero de execu¸c˜oes do algoritmo OPF. Tamb´em propomos uma abordagem semisupervisionada mais adequada para o problema multir´otulos do que as anteriores. Este ´e
um problema desafiador, especialmente quando a solu¸c˜ao adota a transforma¸c˜ao de dados
de multir´otulos em dados de r´otulo ´unico, o que pode afetar o desempenho na fronteira
entre classes. Para resolver este problema, melhoramos a atribui¸c˜ao de multit´otulos adicionando uma etapa final no processo de treinamento de OPFSEMImst. O m´etodo, chamado
OPFSEMImst+knn, cria uma floresta de caminhos ´otimos enraizada nos m´aximos de uma
fun¸c˜ao de densidade de probabilidade, estimada a partir de um grafo k-NN. Finalmente,
propomos uma abordagem de aprendizagem ativa baseada em OPFSEMImst (OPFSEMI).
O m´etodo seleciona amostras informativas para a supervis˜ao de especialistas, de modo
que o n´umero de itera¸c˜oes no aprendizado ativo (esfor¸co do usu´ario) ´e reduzido. |
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| Application of GPU Computing to Urban Traffic Problems |
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| Curso |
Doutorado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Tese |
| Data |
30/11/2016 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Hugo Alexandre Dantas do Nascimento
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Eduardo Camponogara
- Esteban Walter Gonzalez Clua
- Fabio Moreira Costa
- Henrique Mongelli
- Hugo Alexandre Dantas do Nascimento
- Ricardo Couto Antunes da Rocha
- Wellington Santos Martins
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| Resumo |
O presente trabalho estuda e propõe algoritmos e implementações paralelas baseadas
em GPU para o problema de alocação macroscópica de tráfego urbano em redes de
grande porte, promovendo uma investigação aprofundada de cada sub-problema que deve
ser resolvido de forma eficiente durante o processo de atribuição de tráfego. Entre as
principais contribuições deste trabalho, estão: 1) o primeiro algoritmo baseado em GPU
para a enumeração de ciclos sem corda; 2) um novo algoritmo de caminho mínimo
paralelo que tira vantagem de algumas propriedades comuns das redes de tráfego urbano;
Um refinamento na implementação de redução paralela proposta por um dos líderes
no mercado de GPU, o que resultou em uma aceleração de 2,8x em relação à sua
versão original; 3) e, finalmente, um algoritmo paralelo para o problema de alocação
macroscópica de tráfego, 39x mais rápido do que a abordagem equivalente sequencial
quando aplicado a redes de larga escala.
O objetivo principal desta tese é de contribuir para a expansão do software PET-Gyn, propondo estruturas de dados de GPU eficientes e algoritmos paralelos para uma resolução
mais rápida de dois problemas bem conhecidos na literatura: O Problema de Alocação
de Tráfego e a Enumeração de Ciclos sem Corda. Quando aplicados a conjuntos de entrada difíceis, os experimentos realizados mostraram uma clara vantagem dos algoritmos
paralelos sobre suas versões sequenciais. |
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| Alocação de Recursos em Redes sem Fio OFDM Multiusuário Utilizando Modelagem Multifractal Adaptativa |
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| Curso |
Doutorado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Tese |
| Data |
22/11/2016 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Flávio Henrique Teles Vieira
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Flávio Geraldo Coelho Rocha
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| Banca |
- Flávio Henrique Teles Vieira
- Kleber Vieira Cardoso
- Lee Luan Ling
- Rodrigo Pinto Lemos
- Sibelius Lellis Vieira
- Vinicius da Cunha Martins Borges
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| Resumo |
Neste trabalho, com o objetivo de descrever características do tráfego de redes, tais como longa-dependência entre amostras, autossimilaridade e comportamento multiescala, propõe-se um Modelo Multifractal Adaptativo baseado em uma cascata multiescala no domínio Wavelet. O desempenho do modelo proposto é comparado a outros modelos presentes na literatura. Também é proposto um processo envelope para o tráfego de redes
que leva em consideração parâmetros do Modelo Multifractal Adaptativo proposto. Além disso, deduz-se uma equação para o cálculo da probabilidade de transbordo do buffer, tanto para um sistema de comunicação simplificado com servidor único, fila única e buffer finito, quanto para um ambiente multiusuário de rede sem fio baseado na tecnologia OFDM. Para tanto, utiliza-se a curva de serviço do escalonador round-robin da rede OFDM. Utilizando-se do processo envelope e da curva de serviço, obtém-se por meio do Cálculo de Rede a estimativa para o retardo máximo experimentado pelos usuários da rede OFDM. Em seguida, assume-se um ambiente de rede similar ao de uma rede LTE e propõe-se para essa rede um escalonador de recursos sensível às condições do canal de comunicação e à probabilidade de transbordo do buffer. Com base no escalonador apresentado, propõe-se uma curva de serviço mínima para o usuário da rede LTE e por meio dessa, propõe-se uma abordagem para garantia de retardo.
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| Definitividade de Formas Quadráticas – Uma Abordagem Polinomial |
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| Curso |
Doutorado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Tese |
| Data |
18/11/2016 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Jesmmer da Silveira Alves
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| Banca |
- André da Cunha Ribeiro
- Carmen Centeno
- Diane Castonguay
- Edson Ribeiro Alvares
- Fabio Henrique Viduani Martinez
- Humberto José Longo
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| Resumo |
Formas quadráticas são expressões algébricas que têm papel importante em diferentes áreas da ciência da computação, matemática, física, estatística e outras. Abordamos nesta tese formas quadráticas racionais e formas inteiras, com coeficientes racionais e inteiros respectivamente. Os métodos existentes para reconhecimento de formas quadráticas racionais têm complexidade de tempo exponencial ou usam aproximações que deixam o resultado menos confiável. Apresentamos um algoritmo polinomial que aprimora o melhor caso do reconhecimento de formas quadráticas para tempo constante. Ainda mais, novas estratégias foram usadas para garantir a confiabilidade dos resultados, representando números racionais como frações de inteiros, e para identificar combinações lineares que são linearmente independentes, usando a redução de Gauss. Sobre o reconhecimento de formas inteiras, identificamos que os algoritmos existentes têm complexidade de tempo exponencial para o tipo fracamente não-negativa e polinomial para o tipo fracamente positiva. No entanto, o grau do polinômio depende da dimensão da álgebra e pode ser muito grande. Apresentamos um algoritmo polinomial para o reconhecimento de formas inteiras fracamente positivas. Este algoritmo identifica restrições hipercríticas avaliando todo subgrafo com 9 vértices do grafo associado à forma inteira. Através da busca em profundidade, uma estratégia similar pôde ser usada no reconhecimento do tipo fracamente positiva. Por fim, mostramos que o reconhecimento de formas inteiras pode ser feito através de mutações na matriz de troca relacionada. |
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| Construção de Visualização de Matrizes Origem-Destino no Cenário do Tráfego Urbano com Foco em Avaliação de Usabilidade |
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| Curso |
Doutorado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Tese |
| Data |
29/09/2016 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Hugo Alexandre Dantas do Nascimento
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Halley Wesley Alexandre Silva Gondim
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| Banca |
- Carla Maria Dal Sasso Freitas
- Eduardo Simões de Albuquerque
- Fabrizzio Alphonsus Alves de Melo Nunes Soares
- Hugo Alexandre Dantas do Nascimento
- JUNIA COUTINHO ANACLETO
- Maria Cristina Ferreira De Oliveira
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| Resumo |
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| Download |
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| Estimativas de Dark Silicon em Projetos de Sistemas Multicore |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
16/09/2016 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Ricardo Ribeiro dos Santos
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Tony Carlos Bignardi dos Santos
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| Banca |
- Edson Borin
- Fabio Iaione
- Liana Dessandre Duenha Garanhani
- Ricardo Ribeiro dos Santos
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| Resumo |
A demanda por computação de alto desempenho continua a crescer de forma significativa. Apesar da indústria entregar aos consumidores sistemas computacionais mais eficientes, limitações físicas e restrições tecnológicas colocam em risco a evolução para as próximas gerações de processadores. O aumento exponencial de dissipação de potência estática devido ao incremento da corrente de fuga em transistores com escala de integração abaixo de 90nm limita a fração de área do circuito que se pode manter ativa no momento da execução O termo dark silicone utilizado para indicar a fração de área do chip que deve ter frequência de clock reduzida para manter restrições térmicas de potência do projeto. Algumas alternativas para contornar a necessidade de subutilizar uma parte da área do chip estão a adoção de hardware especializado e exploração de paralelismo. Essas alternativas possibilitam que uma parte da área do chip seja utilizada para execução de código em frequências menores visando não extrapolar o orçamento de potência. Observa-se assim a necessidade de técnicas e ferramentas para o projeto de sistemas cientes de dark silicon. Este trabalho tem como objetivo identificar e mensurar a área de dark silicon em projetos de sistemas computacionais com tecnologia abaixo de 90nm, utilizando-se de uma metodologia baseada no cálculo da densidade de potência de um projeto base (90nm) e da adoção de um circuito de referência. Experimentos foram realizados considerando projetos de processadores multicore comerciais para estimar o dark silicon presente nesses projetos considerando suas evoluções tecnológicas. Adicionalmente, um experimento de exploração do espaço de projeto foi realizado, com o intuito de validar as estimativas de dark silicon and buscar alternativas para utilização eficiente da área do chip diante das restrições físicas de projeto. |
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| Uma ferramenta para integração de dados de expressão diferencial e interação funcional |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
02/09/2016 |
| Área |
MATEMÁTICA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Nalvo Franco de Almeida Junior
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
- Rodolpho Gheleri de Oliveira Lima
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| Banca |
- Luciana Montera Cheung
- Nalvo Franco de Almeida Junior
- Said Sadique Adi
- Tainá Raiol Alencar
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| Resumo |
Este trabalho descreve o desenvolvimento de duas ferramentas computacionais: um pipeline para análise de expressão diferencial de genes e outra para a visualização gráfica de resultados de express~ao diferencial, chamada DEPICTViz, que agrega ao resultado da análise de expressão diferencial informacões de interação funcional de proteínas. O pipeline desenvolvido realiza o mapeamento de reads no genoma de referência, a ordenação dos reads mapeados, a construção e união de transcritos e a analise de expressão diferencial. A ferramenta DEPICTViz foi desenvolvida para a visualização de experimentos de expressão diferencial de genes e interação de
proteínas. DEPICTViz foi testada com sucesso em vários estudos de caso. |
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| Inferência de redes de regulação gênica a partir de dados de expressão gênica e conhecimento biológico a priori |
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| Curso |
Mestrado em Ciência da Computação |
| Tipo |
Dissertação |
| Data |
23/08/2016 |
| Área |
CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO |
| Orientador(es) |
- Carlos Henrique Aguena Higa
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| Coorientador(es) |
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| Orientando(s) |
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| Banca |
- Carlos Henrique Aguena Higa
- Leonardo Rippel Salgado
- Renato Porfirio Ishii
- Said Sadique Adi
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| Resumo |
Neste trabalho, nós estudamos um problema comum na Biologia Sistêmica, o qual é a inferência ou engenharia reversa da rede de regulação gênica a partir de dados de expressão gênica. Nós endereçamos este problema usando o formalismo Booleano, onde a expressão de um gene é representado apenas por dois possíveis valores: 0 (não expressado) ou 1 (expressado). Além disso, nossa metodologia é baseada na abordagem de seleção de característica e utilizamos um algoritmo chamado IFFS - improved forward floating selection. Realizamos experimentos para comparar 2 medidas de interação gênica usada na função critério do algoritmo, o coeficiente de determinação e a informação mútua computada através da entropia de Shannon e de Tsallis. Também incorporamos uma fonte de conhecimento biológico a priori das interações dos genes a partir de um banco de
dados chamado STRING. Para validar a metodologia, utilizamos dados das competições DREAM e um conjunto de dados de um estudo do ciclo-celular da levedura. Os resultados mostraram que, geralmente, a informação mútua desempenha um resultado levemente melhor do que o coeficiente de determinação, e que incorporando o conhecimento biológico melhora os resultados. Todo esse conjunto de algoritmos estão implementados na linguagem R e futuram estarão completamente disponível como o pacote Measures_GRN do R em https://github.com/camila-koike/Measure_GRN. |
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