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TRABALHO Ações
Filogenia De Proteomas
Curso Mestrado em Ciência da Computação
Tipo Dissertação
Data 22/05/2003
Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
Orientador(es)
  • Nalvo Franco de Almeida Junior
Coorientador(es)
    Orientando(s)
    • Graziela Santos de Araújo
    Banca
    • Cleber Oliveira Soares
    • Henrique Mongelli
    • Nalvo Franco de Almeida Junior
    Resumo A Explicação Da História Evolutiva Das Espécies E Os Seus Possíveis Relacionamentos São Preocupações Centrais Na Biologia. Esses Aspectos Podem Ser Verificados Pela Construção De Arvores Filogenéticas, Também Conhecidas Como Filogenias, Que São árvores Onde As Folhas Representam As Espécies E Os Nós Internos Representam Possíveis Ancestrais. Com A Descoberta De Tecnologias Para Sequenciamento De Dna, E Consequente Disponibilização De Genomas Completos, Podemos Inferir Filogenias Utilizando Dados Relativos A Ordem Dos Genes De Cada Espécie. Esses Dados Podem Ser Distâncias Ou Características. As Distâncias Representam Uma Estimativa Da Distância Evolutiva Entre Os Pares De Organismos. As Características Dizem Respeito, Por Exemplo, à Presença De Genes Específicos Em Alguns Genomas E Ausência Em Outros. Nosso Objetivo é O De Propor Uma Metodologia Para A Construção De árvores Filogenéticas, Que Consiste Em Extrair Informações De Comparações Entre Conjunto De Genes De Espécies. Estas Informações Podem Ser: Genes Encontrados Em Ambos Os Genomas E Regiões Em Que Houve A Conservação Da Ordem Dos Genes. Além Disso, Também Propomos A Construção De Filogenias Utilizando Características Envolvendo Genes E Regiões, Obtidas Também Dos Genomas Das Espécies. Propomos Ainda Uma Medida De Distância Entre árvores, Om O Objetivo De Avaliar A Qualidade Das Mesmas.
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      Fatoração De Números Inteiros Usando Curvas Elíticas
      Curso Mestrado em Ciência da Computação
      Tipo Dissertação
      Data 12/05/2003
      Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
      Orientador(es)
      • Elisabete Sousa Freitas
      Coorientador(es)
        Orientando(s)
        • Celso Cardoso
        Banca
        • Edson Norberto Caceres
        • Elisabete Sousa Freitas
        • José Gilvan De Oliveira
        Resumo O Problemada Fatoração Inteira Tem Obtido Considerável Atenção Por Sua Utilização Em Sistemas Criptográficos Modernos Qu Têm Sua Segurança Baseada Na Dificuldade De Fatorar Números Grandes.
        Neste Trabalho, Apresentamos A Descrição De Um Método De Fatoração De Números Inteiros, O Método Das Curvas Elíticas (elliptic Curve Method - Ecm) Devido A H.w. Lenstra [len87], Que Usa Curvas Elíticas. Ele é Baseado Num Outro Método De Fatoração, O Método P-1 De Pollard [pol74]. O Método De Pollard Utiliza A Estrutura Do Grupo Multiplicativo Z* , Enquanto O Ecm Utiliza A Estrutura De Grupo Dos Pontos De Uma Curva Elítica.
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          Implementação E Avaliação De Algoritmos Bsp/cgm Para O Fecho Transitivo E Problemas Relacionados.
          Curso Mestrado em Ciência da Computação
          Tipo Dissertação
          Data 07/04/2003
          Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
          Orientador(es)
          • Edson Norberto Caceres
          Coorientador(es)
            Orientando(s)
            • Amaury Antonio de Castro Junior
            Banca
            • Edson Norberto Caceres
            • Henrique Mongelli
            • Siang Wun Song
            Resumo Neste Trabalho, Descrevemos E Apresentamos Os Resultados Da Implementação De Um Algoritmo Bsp/cgm Para O Fecho Transitivo Proposto Por Cáceres Etal. Além Disso, Apresentamos Algumas Aplicações Deste Algoritmo Na Resolução De Problemas Relacionados Em Teoria Dos Grafos, Tais Como Caminhos Mais Curtos, Busca Em Profundidade E árvore Geradora Mínima. Estes Algoritmos Foram Implementados Em C, Usando A Interface Lam/mpi E Executados No Beowulf Do Ic-unicamp, Contendo 66 Processadores. Os Resultados Obtidos São Melhores Que Os Descritos Na Literatura. Para Os Problemas Relacionados, As Implementações Que Usam A Estrutura Do Algoritmo De Washall Para O Fecho Transitivo Apresentam Melhores Tempos, Quando Comparadas A Algumas Implementações Paralelas Para Os Mesmos Problemas.
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              Visualização De Modelos De Sólidos Analisados Pelo Método Dos Elementos De Contorno.
              Curso Mestrado em Ciência da Computação
              Tipo Dissertação
              Data 26/02/2003
              Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
              Orientador(es)
              • Paulo Aristarco Pagliosa
              Coorientador(es)
                Orientando(s)
                • Raquel Marcia Müller
                Banca
                • Henrique Mongelli
                • Luiz Gustavo Nonato
                • Paulo Aristarco Pagliosa
                Resumo
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                  Algoritmo Bsp/cgm Para Computacao De Circuitos De Euler Em Grafos
                  Curso Mestrado em Ciência da Computação
                  Tipo Dissertação
                  Data 12/09/2002
                  Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                  Orientador(es)
                  • Edson Norberto Caceres
                  Coorientador(es)
                    Orientando(s)
                    • Claudia Yoshie Nasu
                    Banca
                    • Edson Norberto Caceres
                    • Henrique Mongelli
                    • Siang W. Song
                    Resumo Nesta Dissertação Descrevemos E Implementamos Um Algoritmo Paralelo Utilizando O Modelo Bsp/cgm (bulk Synchronous Parallel/coarse Grained Multicomputer) Para Obtenção De Circuitos De Euler Em Grafos. Este Algoritmo é Baseado No Algoritmo Proposto Por Cáceres Et Al [cdss92] Que Utiliza O Modelo Pram (parallel Random Access Machine). Do Nosso Conhecimento, Não Há Na Literatura Outros Algoritmos Paralelos Em Modelos De Granularidade Grossa Para O Problema De Circuitos De Euler Em Grafos.
                    O Algorimo Proposto Foi Implementado Utilizando O Padrão Mpi (message Passing Interface) E A Linguagem C. O Programa Foi Executado No Beowulf Com 66 Nós Instalado No Instituto De Computação Da Unicamp. Os Resultados Obtidos Com A Implementa~ao Confirmaram Os Resultados Teóricos Da Complexidade Do Algoritmo, O Que é Uma Característica Do Modelo Bsp/cgm.
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                      O Problema Das Quatro Cores.
                      Curso Mestrado em Ciência da Computação
                      Tipo Dissertação
                      Data 12/09/2002
                      Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                      Orientador(es)
                      • Marcelo Henriques de Carvalho
                      Coorientador(es)
                        Orientando(s)
                        • Liana Dessandre Duenha
                        Banca
                        • Edson Norberto Caceres
                        • Marcelo Henriques de Carvalho
                        Resumo é Possível Colorir Qualquer Mapa Com Não Mais Do Que 4 Cores, De Forma Que Regiões Vizinhas Recebam Cores Diferentes?. Essa Pergunta Foi Feita Pela Primeira Vez Em 1852 Por Francis Guthrie, Enquanto Coloria Um Mapa Da Inglaterra. Esse Problema é Conhecido Como Problema Das 4 Cores. Em 1878, Foi Publicada A Primeira Referência Impressa Da Conjetura, No Periódico Proceedings Of The London Mathematical Society. Essa Publicação Disparou A Febre Do Problema, Com Um Grande Número De Variações Equivalentes, Conjeturas E Falsas Demonstrações. O Problema Das 4 Cores é Responsável Por Muito Do Que Se Conhece Hoje Em Teoria Dos Grafos. A Tentativa De Resolvê-lo Possibilitou O Desenvolvimento De Vários Ramos Da Teoria Dos Grafos, Através Da Sua Equivalência Com Outros Problemas. Portanto, Existem Outros Enfoques Que Podem Ser Dados Em Um Estudo Deste Problema. No Estudo Que Desenvolvemos, Nosso Principal Objetivo Foi Estudar A última Demonstração Do Teorema Ds 4 Cores Publicada Em 1997. O Teorema Afirma Que Os Vértices De Um Grafo Planar Sem Laços Podem Ser Coloridoscom 4 Cores Distintas. Este Teorema é Equivalente Ao Problema Das 4 Cores. A Demonstração Do Teorema é Feita Por Contradição . Supõe-se A Existência De Um Contra-exemplo Para O Teorema E Estudando As Propriedades Deste Contra-exemplo Chega-se A Uma Contradição. Em Várias Partes Da Demonstração Faz-se Necessário O Uso De Programas De Computador.
                        O Nosso Trabalho Resume-se No Detalhamento Da Demonstração Deste Teorema. Para Isto Foi Necessário O Estudo Detalhado De Vários Outros Livros E Artigos, Alguns Destes Publicados No Início Do Século Passado E Outros Publicados Depois De 1997 Pelos Mesmos Autores, Com O Objetivo De Esclarecer Dúvidas E Explicar Com Maior Clareza Os Programas De Computador Indispensáveis Para Esta Demonstração.
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                          Algoritmos Lineares Para Teste De Planaridade Em Grafos
                          Curso Mestrado em Ciência da Computação
                          Tipo Dissertação
                          Data 16/08/2002
                          Área CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
                          Orientador(es)
                          • Marcelo Henriques de Carvalho
                          Coorientador(es)
                            Orientando(s)
                            • Edna Ayako Hoshino
                            Banca
                            • Edson Norberto Caceres
                            • José Coelho de Pina Junior
                            • Marcelo Henriques de Carvalho
                            Resumo Este Trabalho Trata De Reconhecer A Classe Dos Grafos Planares, Ou Seja, Grafos Que Admitem Uma Representação No Plano Sem Cruzamento De Arestas. Algoritmos Com Complexidade De Tempo Linear Para O Reconhecimento De Grafos Planares São Conhecidos Desde A Década De 70. Dois Deles São Clássicos Mas Complexos. São Eles Os Algoritmos De Hopcroft E Tarjan, E De Booth E Lueker. Mais Recentemente, Shih E Hsu Encontraram Um Outro Algoritmo Eficiente, Que Vem Sendo Considerado Mais Simples Que Os Anteriores. Examinamos Estes Três Algoritmos Eficientes Quanto à Forma Como Caracterizam Planaridade E Proporcionam Complexidade Linear Aos Algoritmos. Procuramos Apresentar De Maneira Mais Clara Possível Os Dois Algoritmos Clássicos E Discutir A Simplicidade Aparente Do Algoritmo De Shih E Hsu.
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